מועצת העובדים/וועד העובדים היא הגוף המייצג את ציבור העובדים המנהליים והגמלאים בפנסיה תקציבית.
וועד העובדים, פועל מכוחה של הסתדרות העובדים החדשה ,בהתאם לחוקת ההסתדרות ותקנון וועדי העובדים ומייצג את חברי הסגל המנהלי המועסקים בדירוג/דרגה (ולא בחוזים מיוחדים לפי סכום) החל מיום כניסתם למוסד בכל תקופת עבודתם בכל הנוגע לתנאי עבודה, תנאי שכר, הטבות, פעילויות תרבות רווחה וכו' וכן בגמלאים בפנסיה התקציבית.
חברי ועד העובדים, הינם עובדי האוניברסיטה במחלקות השונות, אשר נבחרים , אחת לשלוש שנים לכהן בוועד העובדים ועושים את עבודתם בהתנדבות להטבת תנאי עבודתם של העובדים תוך שמירה על ביצוע חוקת העבודה, הנהלים והסכמי העבודה.
חברות בוועד העובדים
כל עובד מינהלי באוניברסיטה שמשלם משכרו לוועד העובדים בירושלים ומועסק בדירוג /דרגה.
מועצת העובדים
במועצת העובדים חברים 17 נציגים המייצגים את החטיבות השונות : עובדי מינהל (אחיד) , מח"ר, טכנאים והנדסאים, מהנדסים, ביוכימאים ועובדי מעבדה. הגוף המאחד את כל החברים הנבחרים נקרא מועצת העובדים. בראש המועצה עומדת יו"ר המועצה, אשר נבחרת בבחירות ישירות.
לכל דירוג הסכמי עבודה קיבוציים שחלים עליו (ימי השתלמות בשכר, גמול השתלמות, סמינרים מקצועיים וכו').
ועד העובדים וההנהלה
נציגות ועד העובדים, הכוללת את יו"ר הועד ואת יו"ר החטיבות המיוצגות במועצת העובדים, מתכנסת לישיבות קבועות עם ההנהלה. בישיבות אלו דנים ומטפלים ב- קידום עובדים, תנאי שירות, ענייני משמעת, זכויות עובדים, ניוד עובדים במוסד, וקבלת עובדים. כן מועלות בעיות אישיות של עובדים המחייבות שיתוף פעולה עם ההנהלה.